Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 4 czerwca 2025 r. o sygn.: II FSK 707/22 jest bardzo istotny w sporze o zakres zwolnienia podatkowego dochodów osiąganych w specjalnych strefach ekonomicznych. Sąd jednoznacznie opowiedział się za funkcjonalnym, a nie wyłącznie formalnym podejściem do kwalifikacji przychodów i kosztów związanych z działalnością strefową, w szczególności w sytuacji wystąpienia zdarzeń losowych.

Istota sporu

Sprawa dotyczyła spółki prowadzącej działalność gospodarczą na terenie SSE na podstawie dedykowanego zezwolenia. Dochody z tej działalności korzystały ze zwolnienia strefowego (przewidzianego w art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT). Spółka ubezpieczyła majątek trwały i obrotowy wykorzystywany w działalności strefowej, a zakres ubezpieczenia obejmował również utracone korzyści. W 2020 r. na terenie zakładu doszło do pożaru, który spowodował uszkodzenie linii produkcyjnych, czasowe zatrzymanie produkcji oraz trwałą utratę jednej z linii technologicznych. W konsekwencji spółka otrzymała odszkodowanie za zniszczony majątek i oczekiwała dalszych wypłat, w tym z tytułu utraconych zysków.

Na tle tych okoliczności powstał spór co do podatkowej kwalifikacji otrzymanego i przyszłego odszkodowania oraz opłacanych składek ubezpieczeniowych.

Stanowisko Spółki: Składki ubezpieczeniowe stanowią koszt uzyskania przychodów działalności strefowej, a odszkodowanie zarówno za majątek, jak i za utracony zysk jest przychodem z działalności prowadzonej w SSE i wpływa na kalkulację dochodu objętego zwolnieniem.

Stanowisko Dyrektora KIS oraz WSA w Krakowie: źródłem odszkodowania jest umowa ubezpieczenia, a nie działalność określona w zezwoleniu, wobec czego uzyskane przysporzenie nie może korzystać ze zwolnienia strefowego.

Stanowisko NSA: Sąd nie zgodził się z podejściem poprzedników, wskazując że przedmiotem zwolnienia strefowego jest dochód, a nie wyłącznie określone kategorie przychodów. Sąd przypomniał, że choć zasadniczo zwolnienie obejmuje dochody bezpośrednio generowane w ramach działalności wskazanej w zezwoleniu, to nie można wykluczyć z tego zakresu innych przysporzeń, jeżeli pozostają one w ścisłym i nierozerwalnym związku funkcjonalnym z tą działalnością.

W ocenie NSA taki ścisły związek występuje w przypadku uzyskania odszkodowania za zniszczone składniki majątku wykorzystywane w działalności strefowej oraz przy wypłacie odszkodowania za utracone zyski z tej działalności.

NSA wyraźnie zaznaczył, że ustawa o CIT nie zawiera przepisów wyłączających z działalności strefowej przychody i koszty, które pozostają w bezpośrednim i funkcjonalnym związku z działalnością objętą zezwoleniem. Brak jest również podstaw do przyjęcia, że intencją ustawodawcy było tworzenie swoistych „pułapek podatkowych” dla przedsiębiorców korzystających z decyzji o wsparciu,

Praktyczne znaczenie: Wyłączenie odszkodowania z działalności strefowej przy jednoczesnym pozostawieniu w niej kosztów nabycia zniszczonych maszyn prowadziłoby do absurdalnej sytuacji. Podatnik zostałby obciążony podatkiem od „zysku”, który w rzeczywistości jest tylko rekompensatą za stratę w obszarze zwolnionym. NSA wyraźnie zaznaczył, że przepisy nie powinny stać się „pułapką podatkową” dla inwestorów.

Chcesz mieć pewność, że Twoje zwolnienie strefowe jest bezpieczne?

Powyższy wyrok NSA to światełko w tunelu, ale praktyka organów podatkowych pokazuje, że fiskus wciąż chętnie szuka „formalnych pułapek”, by ograniczyć zakres przysługujących Ci ulg. Jeśli Twoja firma prowadzi działalność w SSE lub na podstawie Decyzji o Wsparciu, nie pozwól, by niekorzystna interpretacja przepisów uszczupliła Twój kapitał. W naszej kancelarii łączymy wiedzę podatkową z doświadczeniem procesowym – analizujemy specyfikę Twojego biznesu, identyfikujemy ryzyka i skutecznie reprezentujemy podatników w sporach o prawo do zwolnienia z CIT.

Skontaktuj się z nami już dziś, aby zabezpieczyć swoje rozliczenia i w pełni wykorzystać potencjał dostępnych preferencji podatkowych.

FAQ – Najczęstsze pytania o odszkodowania w SSE

  • Czy każde odszkodowanie otrzymane przez firmę w SSE jest zwolnione z CIT?

Nie automatycznie. Kluczowe jest istnienie tzw. związku funkcjonalnego. Zgodnie z wyrokiem NSA, zwolnieniu podlegają te odszkodowania, które dotyczą majątku wykorzystywanego wyłącznie do działalności strefowej (np. zniszczonej linii produkcyjnej) lub rekompensują utracone zyski, które spółka wypracowałaby w ramach zwolnienia.

  • Co ze składkami ubezpieczeniowymi? Czy to koszt strefowy?

Jeżeli polisa chroni majątek służący generowaniu dochodów zwolnionych, składki powinny być kosztami uzyskania przychodów z działalności strefowej. NSA podkreślił, że nie można sztucznie rozdzielać kosztów (składek) od przychodów (odszkodowań), jeśli oba dotyczą tego samego procesu w SSE.

  • Czy wyrok dotyczący pożaru ma zastosowanie do innych zdarzeń losowych?

Tak. Podejście funkcjonalne dotyczy awarii maszyn, zalań czy kradzieży. Jeśli Twoja firma otrzymała odszkodowanie i masz wątpliwości, jak je rozliczyć, możemy przygotować dla Ciebie dedykowaną opinię prawną lub wniosek o indywidualną interpretację, wykorzystując najnowszą linię orzeczniczą NSA.