Po pierwszych tygodniach obowiązkowego funkcjonowania KSeF dla niemal wszystkich podatników, można zauważyć, że rzeczywistość działania systemu zweryfikowała wiele obaw zgłaszanych przez przedsiębiorców jeszcze przed jego wdrożeniem. Ku zdziwieniu wielu, system działa stabilnie i wbrew wcześniejszym przewidywaniom nie dochodziło do awarii, które mogłyby paraliżować procesy fakturowania w firmach. Nie oznacza to jednak, że codzienna praca z KSeF pozostaje bezproblemowa. Praktyka ujawniła wiele wyzwań interpretacyjnych, a także technicznych, które wymagają doprecyzowania.
W ostatnim czasie Ministerstwo Finansów opublikowało na stronie poświęconej KSeF nową sekcję pytań i odpowiedzi (Q&A) – „KSeF w praktyce”. Wyjaśnienia zostały podzielone na następujące kategorie:
- Wystawianie i otrzymywanie faktur,
- Zasady obowiązywania KSeF i przepisy prawne,
- Tryb offline i kody QR,
- Rozwiązania informatyczne, integracje i struktura KSeF,
- Uprawnienia i autoryzacja,
- Zagadnienia techniczne.
W dzisiejszym wpisie pragniemy przybliżyć Państwu wybrane odpowiedzi Ministerstwa Finansów oraz omówić najnowsze doniesienia resortu dotyczące problemów, z którymi na co dzień mierzą się podatnicy w związku z korzystaniem z KSeF.
W kategorii „Wystawianie i otrzymywanie faktur” warto zwrócić uwagę na odpowiedź Ministerstwa na pytanie nr 13:
Pytanie: W okresie przejściowym, gdy otrzymam fakturę papierową (zakup), jak mogę ustalić, czy powinna ona zostać wystawiona w KSeF? Co w sytuacji, gdy kontrahent przekaże nam fakturę papierową w jednym miesiącu, a w kolejnym okaże się, że jednak wysłał ją do KSeF (np. zorientował się, że miał taki obowiązek lub przekroczył limit 10 tys.)? Czy w takim przypadku konieczna jest korekta VAT?
Odpowiedź MF: Podatnicy mają obowiązek odbierania faktur w KSeF od 01.02.2026 r. Otrzymywanie faktur przy użyciu KSeF jest obowiązkowe już od 1 lutego 2026 r. (poza przypadkami wyłączonymi ustawowo, gdzie faktura jest przekazana w sposób uzgodniony). Jeśli jednak wystawca faktury w okresie przejściowym korzysta ze zwolnień ustawowych i wystawia faktury w formie papierowej, to nabywca przyjmuję taką fakturę i zachowuje prawo do odliczenia z niej wynikające. Ponowne wystawienie takiej faktury w KSeF generuje po stronie sprzedawcy obowiązek zapłacenia podatku z niej wynikającego. Ponownie wystawiona faktura w KSeF powinna być skorygowana do zera. Od 2027 r. za wystawienie faktury poza KSeF pomimo obowiązku, podatnik będzie narażony na karę pieniężną do 100% kwoty podatku wykazanego na tej fakturze.
Komentarz CLDP: Odpowiedź Ministerstwa to w naszej ocenie przykład rozbieżności pomiędzy podejściem prezentowanym przez MF w wyjaśnieniach, a stanowiskiem prezentowanym przez Dyrektora KIS w interpretacjach indywidualnych dotyczących prawa do odliczenia z faktur wystawianych poza KSeF, a następnie dosyłanych do KSeF. Dotychczasowa linia interpretacyjna prezentowała stanowisko, że faktura najpierw wystawiona poza KSeF, a następnie wprowadzona do systemu (przy zachowaniu tożsamości transakcji i danych) stanowi dwa egzemplarze tego samego dokumentu, natomiast w powyżej przywołanej odpowiedzi MF wynika, jakoby faktura przekazana w takich okolicznościach do KSEF miała być traktowana jako osobna, pusta faktura.
Z kolej w kategorii „Zasady obowiązywania KSeF i przepisy prawne” warto zwrócić uwagę na pytanie nr 16:
Pytanie: Czy spółka wystawiając fakturę za wewnętrzne przesunięcie towaru również ma ją przekazywać do KSeF?
Odpowiedź MF: Od 1.01.2014 r. faktury wewnętrzne już nie funkcjonują w obrocie prawnym. Można jedynie wystawić dokument wewnętrzny, a tych dokumentów nie wystawia się w KSeF ani nie przekazuje się do KSeF.
Komentarz CLDP: Odpowiedź MF nie trafia w sedno problemu bowiem myli przemieszczenie własnych towarów (WDT) z fakturami wewnętrznymi. Tymczasem chodzi o obowiązek wystawienia zwykłej faktury przy WDT własnych towarów (art. 106b ust. 1 pkt 3 Ustawy o VAT). Zgodnie z dość kontrowersyjnymi interpretacjami taka faktura powinna być wystawiona i trafić do KSeF, więc odpowiedź MF raczej wprowadza w błąd niż wyjaśnia tę sprawę.
Warto pochylić się również nad pytaniem nr 12:
Pytanie: Podatnik A, który jest obowiązany do wystawiania faktur ustrukturyzowanych od 1 lutego 2026 r. zawarł umowę o samofakturowanie z podatnikiem B, który jest obowiązany do wystawiania faktur ustrukturyzowanych od 1 kwietnia 2026 r. Czy faktura powinna być wystawiona w KSeF? Strony transakcji posiadają siedzibę działalności gospodarczej w Polsce i posługują się polskim NIP.
Odpowiedź MF: Tak, obowiązek wystawienia faktury jest od 1 lutego 2026 r. W tym przypadku kluczowa jest wartość sprzedaży, którą osiągnął podmiot będący sprzedawcą A, w imieniu, którego nabywca wystawia fakturę. Sprzedawca – podatnik A jest objęty obowiązkowym KSeF od 1 lutego 2026 r., więc nabywca samofakturujący (podatnik B) obowiązkowo wystawia faktury w jego imieniu w ramach samofakturowania już od 1 lutego 2026 r. mimo, że sam nie przekroczył wartości sprzedaży 200 mln zł w 2024 r. Oczywiście podatnik B może również od 1 lutego wystawiać „swoje” faktury w KSeF dobrowolnie.
Komenatrz CLDP: Odpowiedź MF jest co prawda spójna z literalnym brzmieniem przepisów i wydawanymi interpretacjami indywidualnymi, które również wskazują, że w przypadku samofakturowania należy patrzeć na obrót sprzedawcy (przykładowo interpretacja indywidualna z dnia 13 lutego 2026 r., 0112-KDIL1-1.4012.872.2025.2.WK), niemniej dotyka jednego z najbardziej kontrowersyjnych zagadnień na gruncie KSeF.
Z nieoficjalnych źródeł wiadomo, że zagadnienie samofakturowania ma zostać szerzej wyjaśnione w podręczniku KSeF z uwagi na wydaną przez Dyrektora KIS interpretację indywidualną z dnia 27 lutego 2026 r., 0112-KDIL1-3.4012.874.2025.2.KK, która wywołała liczne kontrowersje i jest szeroko komentowana przez praktyków prawa podatkowego jako nieznajdująca oparcia w przepisach ustawy o VAT. W treści tej interpretacji Dyrektor KIS w rygorystyczny sposób określił zasady akceptacji faktur w procedurze samofakturowania w KSeF – organ uznał, że nabywca powinien wygenerować fakturę w formacie xml i okazać ją sprzedawcy do akceptacji przed wysłaniem do KSeF. Takie stanowisko spotkało się z dużą dezaprobatą ze strony przedsiębiorców z uwagi na znaczne utrudnienia logistyczne i procesowe, które wiązałyby się z wdrożeniem podejścia prezentowanego przez organy podatkowe.
Zgodnie z doniesieniami z MF interpretacja ta jest w procesie weryfikacji i możemy się wkrótce spodziewać odniesienia do tej kwestii przez Ministerstwo. Jest to zdecydowanie dobra informacja bowiem im więcej kwestii zostanie doprecyzowanych w podręczniku, tym mniej (a przynajmniej taką mamy nadzieję) pozostanie wątpliwości co do praktycznego stosowania KSeF.
Jednakże niestety Ministerstwo nie spieszy się z wyjaśnieniami w stosunku do wszystkich, wątpliwych kwestii. Przykładowo, pragniemy zwrócić Państwa uwagę na problem, który pojawił się przy okazji stosowania KSeF w praktyce – urzędy skarbowe wymagają złożenia formularza ZAP‑3 jako warunku nadania dostępu do KSeF, mimo że przepisy tego wprost nie przewidują. W tym zakresie wystarczające powinno być wskazanie osoby w ZAW‑FA. W związku z tym podatnicy zaczęli kierować pytania do Ministerstwa Finansów, czy takie dodatkowe wymaganie ma podstawę prawną.
Problem polega jednak na tym, że Ministerstwo nie udziela jasnej odpowiedzi – zamiast jednoznacznie potwierdzić albo zaprzeczyć obowiązkowi składania ZAP‑3, Ministerstwo konsekwentnie unika rozstrzygnięcia wprost tej kwestii. W efekcie, w stosunku do kolejnego zagadnienia pozostaje stan niepewności.
Podobnie ma się sprawa w temacie wizualizacji faktury dokumentującej eksport wystawianej dla zagranicznego kontrahenta – chodzi tu zwłaszcza o możliwość uwzględniania na niej dodatkowych informacji celnych. Zamiast jednoznacznego stanowiska, Ministerstwo wskazuje jedynie, że analizuje tę kwestię i rozważa prawidłowość takiego rozwiązania.
Podsumowanie
Choć KSeF działa stabilnie od strony technicznej, jego stosowanie w praktyce nadal rodzi wiele wątpliwości. Publikowane przez Ministerstwo Finansów objaśnienia nie zawsze rozwiewają wszystkie problemy, a nowe pytania pojawiają się na bieżąco.
Pozostaje mieć nadzieję, że wraz z upływem czasu oraz rozwojem praktyki i interpretacji liczba niejasności będzie stopniowo maleć.
